Francesco nasce ad Assisi nell'inverno del 1182 da Pietro di Bernardone e Madonna Pica, una delle famiglie più agiate della città.
Il padre commerciava in spezie e stoffe. La nascita di Francesco lo coglie lontano da Assisi, mentre era in Provenza, occupato nella sua professione. La madre scelse il nome di Giovanni, nome che fu subito cambiato in Francesco quando tornò il padre. La fanciullezza trascorse serenamente in famiglia e Francesco potè ricevere un’educazione adeguata ad introdurlo nella professione paterna. A questa formazione si deve la sua conoscenza del latino, seppur rudimentale.

I suoi biografi raccontano la sua giovinezza spensierata ed allegra, le feste da lui organizzate e la baldoria per le vie di Assisi.
All'età di vent'anni, come molti giovani della sua età, Francesco partecipò alla guerra tra Assisi e Perugia, durante la quale fu fatto prigioniero. La prigionia e gli stenti plasmarono l'animo del giovane e più il corpo si indeboliva, più cominciava a subentrare in lui il senso della carità e del bene verso gli altri.
Tornò a casa gravemente malato e solo le amorevoli cure della madre ed il tempo lo ristabilirono, ma la vita spensierata condotta fino a quel momento iniziò a sembrargli vuota. Inizia così una della prime sue crisi, che, seppur lentamente, lo porteranno ad un profondo cambiamento.

Nel frattempo, però, Francesco continua a coltivare sogni di gloria. Quando gli si presentò l’occasione decise di seguire un condottiero nel sud Italia, con la speranza di essere creato cavaliere, ma giunto a Spoleto, ebbe un'apparizione del Signore, che gli ordinava di tornare sui suoi passi. Tornato ad Assisi, Francesco cerca in tutti i modi di comprendere le parole del sogno e la volontà di colui che in esso gli aveva parlato. Si tratta di un periodo di intensa ricerca e preghiera, in cui iniziano dei primi timidi tentativi di mettere in pratica ciò che si sta muovendo nel suo cuore, come accadde durante una breve permanenza a Roma, quando si spogliò dei suoi abiti e dei denari, facendo temporaneamente a cambio con un mendicante.

In questo periodo inizia ad affacciarsi al cuore di Francesco un’intuizione: per conoscere la propria felicità dovrà capovolgere completamente la sua scala di valori. Un giorno, cavalcando nella piana di Assisi, Francesco si trovò di fronte ad un lebbroso. Dopo un attimo di esitazione non fuggì, come aveva sempre fatto, ma gli si avvicinò e lo baciò. E da quel momento sentì che ciò che fino a quel momento gli sembrava amaro si trasformava in dolcezza. Nell’anima e nel corpo.

Dopo questo incontro Francesco si sentì profondamente cambiato e scelse il silenzio e la meditazione tra le campagne e le colline di Assisi, facendo spesso tappa nella Chiesetta di San Damiano nei pressi della città. Fu in quel luogo che il crocifisso gli parlò: "Va, ripara la mia casa che cade in rovina". Francesco vendette allora le stoffe della bottega paterna e portò i denari al sacerdote di San Damiano, ma l'ira di Pietro di Bernardone costrinse Francesco a nascondersi. La diatriba col padre fu risolta solo con l'intervento del Vescovo di Assisi, davanti al quale Francesco rinuncia a tutti i beni paterni.
Cominciò un periodo di vita eremitica e di spostamenti, durante il quale Francesco cerca di comprendere meglio il progetto evangelico che si sente chiamato a vivere, cosa che accadrà nella chiesina di Santa MAaria degli Angeli, anche detta Porziuncola. Fu qui che ascoltando il Vangelo circa il modo povero ed umile con cui gli apostoli devono andare nel mondo Francesco sente di essere finalmente di fronte alla volontà di Dio, ed esclama pieno di gioia: questo voglio, questo desidero, questo bramo di fare con tutto il cuore!
Da quel momento Francesco si confeziona un nuovo abito, fatto a forma di croce e in luogo della cintola di cuoio sceglie una rude corda.

Le stile di vita di Francesco non passò inosservato e dopo qualche tempo, si affiancarono i primi fratellii: Bernardo da Quintavalle, Pietro Cattani, poco dopo Egidio e Filippo Longo.
Le prime esperienze con i compagni si ebbero nella piana di Assisi, nel Tugurio di Rivotorto e alla Porziuncola. Tutti i compagni vestivano come Francesco di un saio e di stracci, e come lui frequentavano regolarmente il lebbrosario, a dimostrazione della scelta di minorità: ultimi tra gli ultimi.
La data ufficiale della nascita dell'Ordine dei Frati Minori è il 1210 quando Francesco ed i compagni vengono ricevuti dal papa Innocenzo III che verbalmente approva la loro forma di vita, che in seguitò confluirà nella Regola.
Dopo l’approvazione della Regola iniziano i contatti con Chiara d'Assisi, la quale desidera seguire le orme di Cristo secondo la forma di vita di Francesco. Nasce così l'Ordine delle Povere Dame di San Damiano, chiamate Clarisse dopo la morte di Chiara.

La sua predicazione assume un raggio sempre più ampio, fino a tentare un viaggio in Marocco, ma una malattia lo ferma in Spagna.
Nel 1216 ottiene da Onorio III l'indulgenza della Porziuncola, Il Perdono di Assisi, la più importante della cristianità dopo quella di Terra Santa.
Nel 1219 Francesco parte per Acri e Damietta al seguito della crociata e giunge in Egitto alla corte del sultano Melek el-Kamel, per poi raggiungere la Palestina. Nel frattempo l'Ordine ha i suoi primi martiri, uccisi in Marocco.
Nel 1220 Francesco torna ad Assisi dove i suoi ideali di povertà, di carità, di semplicità hanno fatto presa su molti, inizia così un nuovo ciclo di predicazioni in tutta Italia. A Fontecolombo, nei pressi di Rieti, nel 1223, redige una nuova Regola, approvata poi da Onorio III.

Nel 1224 sul Monte della Verna (ricevuto in dono nel 1213 dal Conte Orlando di Chiusi) riceve le stimmate, il segno di Cristo e della santità. Francesco è stanco ed ammalato, il peregrinare per le predicazioni l'ha provato fuori misura. Viene così curato a San Damiano, ospite di Chiara e delle Sorelle. Qui compone il Cantico delle Creature opera di alta religiosità e lirismo, che contiene tutti gli ideali dell'umiltà e della grandezza francescana. Sentendo prossima la fine terrena, Francesco si fa portare alla Porziuncola, in Santa Maria degli Angeli, dove muore al tramonto della giornata del 3 ottobre 1226.
Il 16 luglio di due anni dopo veniva dichiarato Santo dal papa Gregorio IX.